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Les disques durs, aussi petits soient-ils, contiennent des millions de bits, il faut donc organiser les données afin de pouvoir localiser les informations, c'est le but du système de fichiers. Un disque dur est, rappelons-le, constitué de plusieurs plateaux circulaires tournant autour d'un axe. Les pistes (zones concentriques écrites de part et d'autre d'un plateau) sont divisées en quartiers appelés secteurs (d’une taille de 512 octets). Le formatage logique d’un disque permet de créer un système de fichiers sur le disque, qui va permettre à un système d'exploitation (DOS, Windows 9x, UNIX, ...) d'utiliser l'espace disque pour stocker et utiliser des fichiers. Le système de fichiers est basé sur la gestion des clusters (en français « unité d’allocation »), c’est-à-dire la plus petite unité de disque que le système d’exploitation est capable de gérer. Un cluster est constitué d’un ou plusieurs secteurs, ainsi plus la taille d’un cluster est importante, moins le système d’exploitation aura d’entités à gérer…
En réalité le choix du système de fichiers se fait en premier lieu suivant le système d’exploitation que vous utilisez. D’une manière générale, plus le système d’exploitation est récent plus le nombre de systèmes de fichiers supportés sera important. Ainsi, sous DOS et sur les premières versions de Windows 95 la FAT16 est de rigueur. A partir de Windows 95 OSR2 vous avez le choix entre les systèmes de fichiers FAT16 et FAT32. Si jamais la taille de la partition est supérieure à 2Go, le système de fichier FAT est exclu, vous devez donc utiliser le système FAT32 (ou modifier la taille de la partition). En dessous de cette limite, la FAT16 est recommandée pour des partitions d’une capacité inférieure à 500Mo, dans l’autre cas l’utilisation de FAT32 est préférable. Dans le cas de Windows NT (jusqu’à la version 4) vous avez le choix entre le système FAT16 et NTFS, par contre celui-ci ne supporte pas la FAT32. D’une manière générale le système NTFS est conseillé car il procure une sécurité plus grande ainsi que des performances accrues par rapport à la FAT. Microsoft recommande en fait d’utiliser une petite partition (comprise entre 250 et 500Mo) de type FAT pour le système d’exploitation, afin de pouvoir démarrer à partir d’une disquette DOS bootable en cas de malheur, et de conserver les données sur une seconde partition pour stocker vos données. Sous Windows NT5 l’éventail s’agrandit puisqu’il accepte des partitions de type FAT16, FAT32 et NTFS. Une fois de plus, le système de fichiers le plus récents (NTFS 5) est conseillé, puisqu’il offre de plus nombreuses fonctionnalités que les systèmes FAT. Pour les mêmes raisons que précédemment vous pouvez toutefois opter pour une partition de type FAT.
Lorsque plusieurs systèmes d’exploitations cohabitent sur une même machine, le problème du choix du système de fichiers est à son paroxysme. En effet, le système de fichiers est étroitement lié au système d’exploitation, ainsi lorsqu’il y a plusieurs systèmes d’exploitations, il faut choisir pour chacun d’entre-eux le système d’exploitation en prenant en compte le fait qu’il est possible que l’on ait à accéder à des données de l’un à partir d’un autre. Une première solution consiste à utiliser des partitions FAT pour tous les systèmes, en faisant attention à n’utiliser que des partitions d’une taille inférieure à 2Go. La solution la plus adaptée est d’utiliser pour chacun des systèmes une partition dont le système de fichiers est le plus adapté, et de dédier une partition en FAT16 aux données vouées à être partagées par les différents systèmes d’exploitation.
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