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Lorsque vous enregistrez un fichier sur le disque (celui-ci étant vide à la base), toutes les informations concernant ce fichier sont écrites les unes à la suite des autres. Lorsque vous enregistrez un deuxième fichier, celui-ci va s'enregistrer à la suite du premier et ainsi de suite.
Cependant, lorsque un fichier est effacé ceci génère un espace vide sur le disque . Or, les fichiers suivants vont combler les "trous", et vont donc être éparpillés en portions de fichiers sur le disque. Cela est d'autant plus vrai que le disque dur a une grosse capacité et possède une grande quantité de fichiers.
Ainsi, lorsque le système accéde à un fichier, la tête du disque va devoir parcourir l'ensemble des endroits où les morceaux du fichiers sont enregistrés pour pouvoir lire celui-ci. Cela se traduit donc par une baisse de performances....
La copie, le déplacement et la suppression des fichiers est inévitable, car le système écrit constamment des fichiers temporaires. Il est donc indispensable de recourir à un outil de défragmentation, c'est-à-dire un logiciel capable de réorganiser les fichiers sur le disque dur de telles façons que les "parcelles" de fichiers soient stockées de manière contiguë afin de former des fichiers plus "compact"!. Il est ainsi recommandé d'utiliser régulièrement (une fois par mois environ) un utilitaire de défragmentation, qui va réorganiser les données stockées sur le disque.
L'outil de défragmentation utilise des algorithmes afin de réordonner au mieux les fichiers sur le disque. Les morceaux de fichiers éparpillés sur le disque sont déplacés tour à tour dans l'espace disque disponible (non utilisé par des fichiers) de manière temporaire, puis replacés à un endroit adéquat. Cette défragmentation se fait ainsi d'autant plus facilement que l'espace disque disponible est important. D'autre part, si les données sont changées lors de la défragmentation, l'outil doit recalculer la manière de déplacer les fichiers afin de tenir compte de ces nouveaux changements. Il est donc indispensable de fermer toutes les applications ouvertes afin de commencer la défragmentation. Or le système d'exploitation possède des processus fonctionnant en arrière-plan et accédant au disque dur (notamment lorsque la quantité de mémoire vive présente sur le système n'est pas suffisante, car le système crée des fichiers d'échange). Ainsi, il est fortement recommandé pour les ordinateurs fonctionnant sous Windows, de le redémarrer en mode sans échec, c'est-à-dire un mode dans lequel les éléments de configuration minimaux sont chargés. Pour redémarrer l'ordinateur en mode sans échec, il suffit d'appuyer sur la touche F5 juste après l'écran de démarrage de l'ordinateur (comptage de la mémoire vive et détection des disques) et juste avant le message Démarrage de Windows.
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